- a -

• AbortProgram() : PUtilities
• activate() : PResidue , PAtom
• activateResidue() : PChain
• addAtom() : PBlockShell , PAtomPositionsSpec
• AddAtomsToMap() : PBlock
• addBlock() : PResidueShell
• addBlockConnection() : PResidueShell
• addBond() : PBlockShell
• AddConformation() : PCluster
• AddResidue() : PChain
• AddRotateEventHandler() : PChain
• addSidechain() : PSampMethods
• Angle() : Angle
• AngleBetweenPlanes() : PMath
• AntiMultiRotate() : PChain
• appendConformation() : CS2IO
• appendToFile() : PUtilities
• ApplyRotamer() : PProteinResidue
• ApplyTransform() : PAtom
• ArbitraryNonParallel() : PMath
• AtomCacher() : AtomCacher
• AtomsNearPoint() : PSpaceManager , PGrid

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