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Modules overlap As our modules are overlapping, we present here a list of all the modules that have a signficant overlap in the set of experiments in which they significantly change. To do this, we computed the pvalue of the overlap between any two modules using the hypergeometric distribution, and applied a False Discovery Rate (FDR) correction for multiple hypotheses with p<0.01. A list of all such significant overlaps, sorted by pvalues is shown in the table below. We also present the results as a matrix, in which a colored entry represents two modules that significantly overlap and the intensity represents the fraction of experiments in the overlap. The matrix is clustered to reveal significant patterns. Module 1 Module 2 P-value Overlap Module 1 (num) Module 1 (frac) Module 2 (num) Module 2 (frac) 98 252 0.00E00 567 615 0.92 660 0.85 198 252 0.00E00 605 641 0.94 660 0.91 154 297 0.00E00 705 727 0.96 738 0.95 95 163 0.00E00 455 458 0.99 462 0.98 171 208 0.00E00 806 878 0.91 836 0.96 297 357 0.00E00 718 738 0.97 738 0.97 154 357 0.00E00 692 727 0.95 738 0.93 114 151 0.00E00 352 364 0.96 375 0.93 345 436 0.00E00 902 953 0.94 944 0.95 11 66 0.00E00 1184 1207 0.98 1277 0.92 66 100 0.00E00 1268 1277 0.99 1280 0.99 11 100 0.00E00 1186 1207 0.98 1280 0.92 66 137 0.00E00 1250 1277 0.97 1270 0.98 100 137 0.00E00 1255 1280 0.98 1270 0.98 11 137 0.00E00 1180 1207 0.97 1270 0.92 167 438 0.00E00 461 461 1 461 1 98 198 0.00E00 589 615 0.95 641 0.91 125 158 0.00E00 358 365 0.98 404 0.88 112 176 0.00E00 1183 1210 0.97 1209 0.97 68 298 0.00E00 367 385 0.95 383 0.95 46 75 0.00E00 1224 1240 0.98 1302 0.94 55 88 0.00E00 1398 1420 0.98 1460 0.95 174 241 0.00E00 705 777 0.90 770 0.91 241 291 0.00E00 713 770 0.92 764 0.93 79 128 0.00E00 1004 1020 0.98 1031 0.97 79 170 0.00E00 1002 1020 0.98 1043 0.96 128 170 0.00E00 1020 1031 0.98 1043 0.97 172 209 0.00E00 605 656 0.92 702 0.86 108 263 0.00E00 620 661 0.93 710 0.87 242 379 0.00E00 378 413 0.91 390 0.96 104 181 0.00E00 446 493 0.90 479 0.93 179 459 0.00E00 432 464 0.93 459 0.94 317 459 0.00E00 441 464 0.95 459 0.96 378 459 0.00E00 449 462 0.97 459 0.97 255 459 0.00E00 433 455 0.95 459 0.94 179 317 0.00E00 444 464 0.95 464 0.95 255 317 0.00E00 442 455 0.97 464 0.95 179 378 0.00E00 442 464 0.95 462 0.95 317 378 0.00E00 451 464 0.97 462 0.97 255 378 0.00E00 439 455 0.96 462 0.95 34 191 0.00E00 321 321 1 321 1 179 255 0.00E00 439 464 0.94 455 0.96 459 532 0.00E00 420 459 0.91 439 0.95 179 532 0.00E00 417 464 0.89 439 0.94 317 532 0.00E00 423 464 0.91 439 0.96 378 532 0.00E00 420 462 0.90 439 0.95 255 532 0.00E00 416 455 0.91 439 0.94 10 58 0.00E00 311 311 1 311 1 37 136 0.00E00 311 325 0.95 324 0.95 69 136 4.90E-324 316 339 0.93 324 0.97 37 69 2.84E-303 310 325 0.95 339 0.91 481 544 9.15E-301 246 250 0.98 252 0.97 292 345 5.63E-300 816 892 0.91 953 0.85 174 291 6.59E-300 674 777 0.86 764 0.88 238 301 5.35E-298 324 353 0.91 351 0.92 250 316 2.64E-294 216 216 1 216 1 193 288 3.87E-285 206 206 1 206 1 34 262 1.71E-284 298 321 0.92 328 0.90 191 262 1.71E-284 298 321 0.92 328 0.90 48 95 2.29E-282 370 390 0.94 458 0.80 48 163 1.46E-279 370 390 0.94 462 0.80 292 436 7.47E-275 798 892 0.89 944 0.84 289 375 3.58E-270 514 593 0.86 619 0.83 58 130 3.99E-264 294 311 0.94 352 0.83 10 130 3.99E-264 294 311 0.94 352 0.83 9 48 2.28E-263 322 348 0.92 390 0.82 208 292 4.76E-263 739 836 0.88 892 0.82 181 242 1.34E-262 379 479 0.79 413 0.91 107 172 2.17E-261 535 618 0.86 656 0.81 188 238 1.35E-258 311 357 0.87 353 0.88 139 180 9.62E-258 467 504 0.92 628 0.74 208 436 3.94E-257 757 836 0.90 944 0.80 302 344 5.47E-257 245 265 0.92 268 0.91 171 292 5.75E-253 754 878 0.85 892 0.84 199 259 7.62E-252 340 368 0.92 436 0.77 254 312 1.57E-251 312 349 0.89 373 0.83 188 301 5.96E-251 307 357 0.85 351 0.87 329 387 3.74E-248 227 246 0.92 246 0.92 181 379 1.17E-245 360 479 0.75 390 0.92 208 345 1.15E-244 753 836 0.90 953 0.79 171 436 1.34E-242 771 878 0.87 944 0.81 403 451 5.63E-242 430 535 0.80 508 0.84 96 410 4.14E-240 258 289 0.89 297 0.86 69 179 4.27E-238 326 339 0.96 464 0.70 69 255 4.57E-238 324 339 0.95 455 0.71 69 532 1.86E-237 320 339 0.94 439 0.72 104 242 5.39E-237 371 493 0.75 413 0.89 69 378 9.63E-237 325 339 0.95 462 0.70 69 317 1.06E-235 325 339 0.95 464 0.70 83 151 3.42E-235 285 303 0.94 375 0.76 83 114 7.61E-235 282 303 0.93 364 0.77 69 459 1.34E-233 323 339 0.95 459 0.70 171 345 2.05E-233 769 878 0.87 953 0.80 136 179 2.28E-232 315 324 0.97 464 0.67 136 255 7.39E-232 313 324 0.96 455 0.68 136 378 7.50E-231 314 324 0.96 462 0.67 136 532 1.97E-230 309 324 0.95 439 0.70 107 209 4.49E-230 534 618 0.86 702 0.76 136 317 7.11E-230 314 324 0.96 464 0.67 37 532 3.69E-229 309 325 0.95 439 0.70 136 459 1.90E-227 312 324 0.96 459 0.67 24 55 2.36E-226 1183 1221 0.96 1420 0.83 37 179 4.90E-226 313 325 0.96 464 0.67 37 255 1.06E-225 311 325 0.95 455 0.68 104 379 2.69E-225 354 493 0.71 390 0.90 121 223 4.55E-225 550 632 0.87 736 0.74 37 317 1.15E-223 312 325 0.96 464 0.67 37 378 2.73E-222 311 325 0.95 462 0.67 37 459 3.83E-219 309 325 0.95 459 0.67 230 326 3.56E-218 140 140 1 140 1 1 2 1.51E-215 1161 1271 0.91 1318 0.88 9 95 4.09E-215 319 348 0.91 458 0.69 168 222 4.28E-213 179 202 0.88 189 0.94 9 163 4.59E-211 318 348 0.91 462 0.68 301 361 1.87E-207 312 351 0.88 440 0.70 145 301 1.52E-205 271 317 0.85 351 0.77 111 157 2.73E-205 328 436 0.75 393 0.83 24 88 1.08E-204 1187 1221 0.97 1460 0.81 145 238 2.69E-204 271 317 0.85 353 0.76 145 188 7.02E-204 272 317 0.85 357 0.76 23 24 2.93E-203 1017 1131 0.89 1221 0.83 188 361 2.98E-200 311 357 0.87 440 0.70 76 263 3.80E-199 626 883 0.70 710 0.88 23 55 7.60E-198 1099 1131 0.97 1420 0.77 8 17 1.13E-195 680 917 0.74 789 0.86 238 361 2.70E-194 306 353 0.86 440 0.69 6 38 1.76E-193 1096 1333 0.82 1181 0.92 120 175 4.07E-192 278 327 0.85 384 0.72 23 88 3.34E-191 1109 1131 0.98 1460 0.75 98 197 4.21E-187 470 615 0.76 612 0.76 197 198 1.06E-186 480 612 0.78 641 0.74 3 18 3.85E-185 782 954 0.81 970 0.80 32 83 1.34E-182 219 249 0.87 303 0.72 112 220 5.23E-182 941 1210 0.77 1042 0.90 100 112 6.21E-182 1080 1280 0.84 1210 0.89 112 137 5.59E-181 1074 1210 0.88 1270 0.84 76 108 7.31E-181 585 883 0.66 661 0.88 143 293 1.18E-180 161 180 0.89 191 0.84 57 403 7.55E-180 384 487 0.78 535 0.71 176 220 1.40E-178 938 1209 0.77 1042 0.90 2 12 2.93E-178 1166 1318 0.88 1322 0.88 62 152 3.34E-178 202 221 0.91 291 0.69 27 64 3.65E-178 882 914 0.96 1301 0.67 66 112 2.38E-177 1075 1277 0.84 1210 0.88 100 176 4.63E-176 1075 1280 0.83 1209 0.88 44 84 9.33E-176 1214 1234 0.98 1548 0.78 38 60 1.04E-175 944 1181 0.79 1076 0.87 137 176 3.87E-175 1069 1270 0.84 1209 0.88 6 19 4.39E-173 1040 1333 0.78 1120 0.92 184 221 1.09E-172 134 144 0.93 153 0.87 197 252 1.82E-172 477 612 0.77 660 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